Публикации 2014-2023 гг.
Академгородок, 50а/2, Красноярск, 660036 Российская Федерация
2 Институт общей генетики им. Н. И. Вавилова РАН
ул. Губкина, 3, Москва, ГСП-1, 119991 Российская Федерация
3 Геттингенский университет
ул. Бюсгенвег, 2, Геттинген, 37077 Германия
4 Техасский агро-механический университет
Колледж Стейшн, Техас, 77843 США
5 Институт леса им. В. Н. Сукачева СО РАН
6 Российский центр защиты леса, Центр защиты леса Красноярского края
Aкадемгородок, 50/а2, Красноярск, 660036 Российская Федерация
E-mail: kkrutovsky@gmail.com, oreshkova@ksc.krasn.ru, yuliya-putintseva@rambler.ru, aaibis@mail.ru, kse-zhdanova@yandex.ru, helenbeauty74@mail.ru
Реферат
УДК 575.113.1/575.133
Крутовский К. В.1, 2, 3, 4, Орешкова Н. В.1, 5, Путинцева Ю. А.1, Ибе А. А.1, 6, Дейч К. О.1, 6, Шилкина Е. А.1, 6 Предварительные результаты полногеномного de novo секвенирования лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) и сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) // Сибирский лесной журнал. 2014. № 4. С. 79–83.
© Крутовский К. В., Орешкова Н. В., Путинцева Ю. А., Ибе А. А., Дейч К. О., Шилкина Е. А., 2014
В результате секвенирования ядерной ДНК лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) и сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) с помощью высокопроизводительного секвенатора Illumina HiSeq2000 и последующей первичной обработки данных для лиственницы было получено 2 906 977 265 высококачественных парноконцевых нуклеотидных сиквенсов (чтений) генома и просеквенировано (прочитано) 576 млрд. пар нуклеотидных оснований (п.н.о.), что соответствует 48-кратной длине генома лиственницы (48Х покрытие), равного 12.03 млрд. п.н.о., а для кедра было получено 3 427 566 813 чтений генома (679 млрд. п.н.о.), что соответствует 29-кратной длине (29Х покрытие) генома кедра (23.6 млрд. п.н.о.). Этих данных пока недостаточно для полной сборки и аннотации данных геномов, но полученные нуклеотидные сиквенсы уже позволили обнаружить и разработать эффективные высокополиморфные молекулярно-генетические маркёры, микросателлитные локусы, необходимые для популяционно-генетических исследований и идентификации происхождения древесины. Также продолжаются исследования однонуклеотидных полиморфизмов (т.н. «снипов»). Были полностью собраны и проаннотированы хлоропластные геномы Larix sibirica (122561 н.о.) и Pinus sibirica (116704 н.о.). Получены первые рабочие сборки митохондриального генома данных видов. Кроме того, проводятся геномные исследования слабо- и сильнопатогенных штаммов основных фитопатогенов российских бореальных лесов Heterobasidion annosum s.l. и Armillaria mellea s.l. Данные исследования позволят обнаружить биомаркёры для решения важных научных и хозяйственных задач по сохранению лесных генетических ресурсов и селекции более устойчивых к заболеваниям и неблагоприятным факторам среды пород с ускоренным ростом и улучшенной древесиной.
