Публикации 2014-2023 гг.

Реферат

УДК 575.174.015.3

Шилкина Е. А.¹, Орешкова Н. В.^{2, 3}, Ибе А. А.^{1, 3}, Дейч К. О.^{1, 3}, Крутовский К. В.^{3, 4, 5, 6} Разработка цитоплазматических SSR-маркеров для исследований сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour) // Сибирский лесной журнал. 2014. № 4. С. 21–24.  

© Шилкина Е. А., Орешкова Н. В., Ибе А. А., Дейч К. О., Крутовский К. В., 2014   

Исследование посвящено выявлению изменчивых цитоплазматических микросателлитных локусов и разработке на их основе SSR-маркеров для сосны кедровой сибирской (Pinus sibirica Du Tour), используя для разработки праймеров все доступные в базе Genbank нуклеотидные сиквенсы хлоропластного и митохондриальных геномов, включая почти полный сиквенс хлоропластного генома (gi|228016112|gb|FJ899558.1|). Микросателлитные районы выявляли с помощью компьютерной программы SciRoKo (Kofler et al., 2007). В хлоропластном геноме были обнаружены четыре микросателлитных локуса, а среди всех изученных митохондриальных сиквенсов был выявлен только один, в интроне гена nad1 (gi|12002773|gb|AF160260.1|). С использованием компьютерной программы Primer3 были определены 24 пары ПЦР праймеров для обнаруженных локусов: пять пар для митохондриального и девятнадцать пар для хлоропластных локусов. Данные праймеры были протестированы с использованием двух выборок по 30 деревьев в возрасте 40–70 лет из двух популяций сосны кедровой сибирской Томской области Российской Федерации. ДНК выделяли из высушенной хвои по стандартному протоколу для растительных тканей с применением цетилтриметиламмонийбромида (CTAB-метод). Для ПЦР использовали набор реагентов GenePak PCR Core ООО «Лаборатория Изоген». Продукты ПЦР-амплификации разделяли путем электрофореза в стандартных вертикальных камерах в 6 % полиакриламидном геле с использованием трис-ЭДТА-боратного электродного буфера. Гели окрашивали в растворе бромистого этидия и визуализировали под УФ-светом. В качестве маркера молекулярных длин использовали ДНК плазмиды pBR322, обработанную рестриктазой HpaII. В результате проведенного исследования из 24 пар ПЦР праймеров для амплификации и генотипирования сосны кедровой сибирской были отобраны четыре лучшие пары праймеров для трёх хлоропластных и одного митохондриального ДНК-маркеров. По результатам генотипирования 60 деревьев два хлоропластных локуса оказались мономорфными и один – полиморфным с двумя аллелями. Таким образом, было выявлено два гаплотипа для хлоропластных локусов и два аллеля или гаплотипа (митотипа) для митохондриального маркера.